1、净化水质当过量的氮、磷元素排入水体后，易引起池塘富营养化，在池塘中形成对水产动物有毒的氨氮、亚硝酸盐，影响水产动物的生长，而芽孢杆菌可利用自身的酶，强烈分解氮系、硫系污染物，还能分解水体中的残饵、粪便、有机物等物质，从而达到净化水体的作用。
2、抑制有害藻类枯草芽孢杆菌能抑制水体中的蓝藻等有害藻类，避免底部缺氧，导致虾爬边。
3、杀灭有害菌枯草芽孢杆菌能产生多粘菌素、伊枯草素、几丁质酶等高效的抑菌物质，这些抗菌物质易溶于水，不易产生抗药性，能够有效的杀灭或抑制虾水体中的弧菌等有害菌，预防虾类疾病。
4、修复受损的组织上皮当虾感染上细菌性疾病后，病菌会使肠道粘膜受损，引发肠道炎症、萎缩等病症，使虾食欲下降或者停止进食，生长速度变慢，而枯草芽孢杆菌能促进对肠道的修复，减轻肠道炎症，促使虾进行摄食。
5、二、水产养殖芽孢杆菌正确的使用方法1、使用方法（1）在使用枯草芽孢杆菌前，可先用40-50倍的水（温度在20-30℃）进行稀释活化，一般需要2-4个小时，然后全池泼洒。（2）首次的使用量一般为200-300g/亩，水质差时一般可使用400g/亩。