1、免疫组织学检查，常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法(即PAP)，显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
2、病理检查，主要为角化不全，棘层高度肥厚，表皮突增厚，延长，其增生程度可似假性上皮瘤样。刺细胞和基底细胞并有相当数量的核分裂、颇似癌变。但细胞排列规则，且增生上皮和真皮之间界限清楚。其特点为粒层和刺层上部细胞有明显的空泡形成。
3、组织化学检查，取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合。在过氧化物酶抗过氧化物酶(PAP)方法中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
4、醋酸白试验，用醋酸外涂疣体5分钟，病灶部位变白稍隆起，肛周病损可能需要5分钟。本试验的原理是蛋白质与酸凝固变白的结果，HPV感染细胞产生的角蛋白与正常的未感染上皮细胞产生的不同，只有前者才能被醋酸脱色。