1、一、使用化学品消毒：化学消毒可以用浓度为5%的过氧化氢，也可以用1%或更低一点的过氧乙酸，商业上可以吹涡皋陕用这些化学品的多种不同混合液或其他化学品达到消毒目的。100ppm的氯溶液能非常有效的杀灭有机体，但是分配系统中一般不用，这是因为会引起不锈钢的腐蚀问题。消毒剂使用后验证消毒剂已冲洗干净十分关键，进行足够的冲洗后可以用适量的指示剂进行检查是否已经有效去除了添加的消毒化学品。
2、二、臭氧消毒：用臭氧进行消毒可以定期也可以连续：储存罐一般是连续用臭氧消毒，然后在分配回路首个使用点前用紫外线灯照射进行去除。分配系统可采用定期消毒，关闭紫外线灯并增加臭氧浓度，使臭氧流经分配回路进行消毒。采用臭氧消毒时，臭氧的加入不要通过喷淋球，防止臭氧过快分解。
3、三、热消毒:已经发现将水处理系统加热来进行定期消毒非常安全有效，消毒的频率取决于系统设计、分配系统大小、系统组件、水量、水的周转量、循环水温六个因素。消毒最简单的方法是将分配系统中的循环水处理加热到80摄氏度左右（误差在3摄氏度以内），并将此温度保持一段经过验证的时间，已经证明加热消毒的方法非常有效，如果设计合理也是一种非常经济的消毒方式。