1、盈利能力问题 因为盈利能力问题被否决往往有两方面的原因： 1、业绩依赖严重。如税收依赖和关联方依赖，前者的问题常见于科技创新型企业，该类高科技企业往往在一定时期内享受增值税退税、所得税减免等税收优惠。有些业绩看起来不错的企业往往在剔除税收优惠后，业绩便表现平平甚至不升反降。 2、持续盈利能力受其他因素的影响比较严重。这方面的因素比较多，如专利纠纷、合资条款、销售结构变化、未决诉讼、重大合同不利影响等。
2、主体资格存在缺陷 主体资格缺陷主要体现在历史出资瑕疵、历史股权转让瑕疵、实际控制人认定不准确和管理层懈吡赜痖变动四个方面。 1、历史出资瑕疵。常见于出资人未足额出资或出资的财产权利有瑕疵的情况，2008年被发审委否决的一例个案中，首发申请企业存在无形资产出资问题，公司控股股东以原有申请人无偿使用专利和非专利技术经评估作价2.16亿元向申请人前身增资。该公司设立时，控股股东已将其所属科研部门投入该公司，相关专利及非专利技术已由前身公司及改制后的申请人掌握并使用多年，且已经体现在申请人过往的经营业绩中。因此，相关无形资产作价增资存在瑕疵。 2、历史股权转让瑕疵。由于不少拟上市企业是经国有企业或者集体所有制企业改制而来，其国有股权或者内部员工股权在转让过程中，往往出现瑕疵。如国有股权转让，企业需考虑是否获得国有资产主管部门的书面批准。 3、法律法规规定企业上市前职工持股人数超过200人的，一律不准上市;存在工会持股、持股会以及个人代持等现象的公司也不准上市。而在内部员工持股的清理过程中，IPO申请公司很容易因为各种利益问题在上市过程中被举报或遭受质疑。 4、某些BVI构架的红筹公司在转为内地上市的过程中，也要注意股权转让问题。如未能过会的深圳海联讯科技股份有限公司，外界普遍猜测其被否原因是由于海外上市未果，转为在国内上市，在企业类型由外资公司变更为内资公司时，由于BVI股权构架的问题，股权交易复杂且存在瑕疵。 5、实际控制人认定问题。根据未过会的北京福星晓程招股说明书显示，汉川市钢丝绳厂直接和福星生物医药间接持有的公司股份为41.97%，为公司实际控制人。问题是，福星晓程的主营业务是集成电路产品的生产与销售，实际控制人对公司业绩的提升没有明显作用。而公司第二大股东程毅作为总经理，全面负责公司经营管理工作，公司成立时的核心技术也是由程毅投入，因此市场猜测，程毅才是福星晓程真正的实际控制人，公司实际控制人认定不够准确。 6、管理层重大变动。创业板明确规定：“发行人最近两年内主管业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化，实际控制人没有发生变更。”被否决的天津三英焊业，2009年1月12日，两名董事朱树文、卢迅代替因工作变动辞职的李琦、覃西文进入董事会。此时距离公司申请上市不到一年，最终上市失败。
3、募投资金效益风险大 未过会的赛轮股份，招股说明书显示其募投资金投向之一是生产半钢子午线轮胎，并说明该产品80%用于出口，且北美市场占其出口总额的50%。但在赛轮股份上市的过程中，不曾料到2009年国际环境突变，美国政府宣布对产自中国的轮胎实施3年惩罚性关税，其募投项目未来的经济效益存在较大的不确定性。
4、权属纠纷的不确定性
5、信息披露质量差 有不少拟上市企业，申请材料未按规定做好相关事项的信息披露。申请文件以及招股说明书准则是对信息披露的最低要求。由于投资者更看重企业未来的盈利能力，上市企业在信息披露时，应当坦诚相待，尤其是对投资决策有重大影响的信息，无论准则是否明确规定，申请人公司均应披露。否则，如果在发审委会议上被发审委委员当面指出问题要害，对上市过程的危害性反而更大
6、财务会计问题 主要指企业滥用会计政策或会计估计，涉嫌通过财务手段粉饰财务报表。企业如果在准备上市的过程中出现业绩滑坡，应当暂缓上市步伐，待经营好转以后再择机上市。如果企业股东迷恋于股市火爆的“创富神话”或者迫于资金短缺的压力铤而走险仓促上市，难免偷鸡不成倒蚀把米。
7、独立性问题
8、企业运营不规范 企业运营不规范往往表现为内控机制薄弱。内控机制是企业管理层为保证经营目标的实现，而制定并组织实施的一套政策、制度、措施与方法，对内部人员从事的业务活动进行风险控制和管理。财务核算混乱是内控机制薄弱的常见体现，如原始会计报表与上市申报材料报表存在重大数据差异等。另外还包括资金占用、管理层未尽到勤勉尽责的法律义务等问题，这些都是企业运营不规范的体现
9、被举报其他问题 证监会发审委往往会以“补充公告”的方式宣布取消对该公司发行文件的审核，做出这一决定的原因多半是“尚有相关事项需要进一步落实”，但是并不对外公布详情，往往引发坊间对当事公司的种种猜测。 企业在日常经营活动中发生纠纷在所难免，主要是看企业处理纠纷的应对能力。而且，取消这次上会资格，并不意味着企业不能再次上会。待企业补齐材料后可重新上会，并可能顺利通过
10、中介报告瑕疵 企业IPO一般要聘任中介机构，如保荐机构、会计师事务所、律师事务所、资产评估事务所。IPO的成功与否，除了企业的基本素质之外，还包括中介机构的专业能力以及服务质量。 中介报告瑕疵往往见于评估报告、审计报告及律师报告。如评估报告未经具备评估资格的评估师签字，或者相关评估机构不具备评估资格，均可被发审委认为是无效评估报告，评估结果便不能作为企业某个经营活动的依据。