1、蒸汽消毒：多见于制备注射用水的企业。注射用水管系统要能用纯蒸汽(如121℃，0.2 MPa)灭菌。贮罐/管道须有灭菌、消毒接口，若采用蒸汽灭菌，应设置足够的疏水器。
2、纯化水系统采用，较少见。一般保持管道系统内60～80℃的温度，30～60分钟。适用于活性炭过滤器、软化器和储存循环管路。
3、化学消毒：常用的有甲醛(35～40%的甲醛水溶液)、双氧水、次氯酸钠等，其中双氧水使用较多，浓度3%，消毒时间0.5小时以上。注：如企业采用化学消毒方法，应规定消毒后残0留的化学消毒剂的冲洗方法。
4、波长200nm～300nm的紫外线有较强的杀菌能力，在253.7nm的光线效果最好，安装位置离使用点越近越好，其后安装除菌级滤器。可与热消毒法或化学茇坍酮踪消毒法配合使用，有利于过氧化氢和臭氧的降解注：紫外灯灭菌的光强随时间衰减，应有光强度检测或时间记录仪，以便定期清洗或更换紫外灯管。
5、常用的有甲醛(35～40%的甲醛水溶液)、双氧水、次氯酸钠等，其中双氧水使用较多，浓度3%，消毒时间0.5小时以上。注：如企业采用化学消毒方法，应规定消毒后残0留的化学消毒剂的冲洗方法。
6、目前在纯化水系统中能连续去除细菌和病毒的最好方法，但需在使用点前安装紫外线灯。适用于纯化水管道的消毒。
