1、准备发酵箱泡沫嘞窜虹律箱一个，大小约为45厘米x30厘米。功率为450W的储水式电暖宝一个。空气温度计一只。常见的家用温度计即可。搁架一个；筷子若干，用于隔开叠放的盘子。方刮茕栓双法：在泡沫箱上方开小方孔，插入空气温度计。把电暖宝放入搁架内，拉出插头，插在电源上。搁架上码放盛装黄豆的盘子。该发酵箱在通电后，保持温度在38度到42度。若低于38度，在箱子上和周围加保温覆盖物。如果环境温度低(如低于20度)，需增加覆盖物。具体情况，看温度计的显示。附图中的发酵箱使用了嵌套的泡沫箱，夏天时，箱内温度偏高。
2、浸泡漂洗：将黄豆500克加入3倍量的水浸泡12小时以上。把洗净泡好的黄豆，控掉水放入盆中。
3、蒸制：在直径24厘米的燃气压力锅内叠放至少4到6个8寸盘子(直径20厘米)，然后放入蒸帘，再后放入黄豆盆。并聚刁擞蛔放入一双筷子和一只削尖的筷子(蒸帘可用微波炉的烤架替代以方便放入筷子和盆)。把盆放进高压锅内蒸45分钟到60分钟。可在盆中加入1%的白糖和0.5%的味精(加入白糖和味精可提高纳豆发酵品质。味精和白糖是培养基，可不加)。如能保证白糖和味精安全无菌，也可在出锅后加。注意：器皿和用具的灭菌非常必要。由于纳豆发酵时间长，如果混入杂菌，非常容易导致发酵失败。如使用电子压力锅，需探索有效的器皿和用具灭菌方法，如使用沸水或微波炉灭菌。
4、接种纳豆菌和分装：在高压锅关火一小时左右时(捂执涡扔使黄豆温度在70度左右)，从高压锅中取出黄豆盆，加入适量纳豆菌，用灭菌后的筷子搅拌，使纳豆菌附着在黄豆上。 把接种好的黄豆分到多个盘子中， 每个盘子中的黄豆厚度在1厘米以下（过厚时底部缺氧，发酵不足，越薄发酵得越好）。盘子上罩上保鲜膜，保鲜膜上用削尖的筷子分散着扎7、8个洞。保鲜膜起到保湿作用，不加保鲜膜，会使发酵箱中有过量蒸汽和凝水，而黄豆则会表面干燥。扎洞的目的是为盘中的黄豆提供加氧通道，纳豆是嗜氧菌。注意：如使用一丸(0.25克)可发酵5公斤干黄豆的胶囊包装的纳豆菌种，可根据所泡的黄豆量加入纳豆菌粉-如只泡1斤黄豆，可用1/5丸的纳豆菌粉。余下的纳豆菌粉仍可使用，只要把菌丸对接好，放入冰箱冷冻保存即可。也可使用袋装纳豆菌，但如一次使用不完，不易保存。
5、发酵发酵箱预热30分钟。把盘子码放在发酵箱中发酵16-20小时，盘子之间可用筷子隔开。当大部分黄豆的表面上都产生了白膜之后，发酵完成。注意：根据本人的经验，温度高于35度纳豆菌就可良好发酵，高于42度发酵效果不好。需要在大部分黄豆上出现白膜时，发酵才算成功完成。过早取出纳豆，菌丝少。
6、保存：纳豆发酵好以后，把盘子取出，在盘子上再罩一层保鲜膜，留一盘放冷藏室现吃，其它放入冰箱冷冻室。 罩上保鲜膜后，纳豆在冷藏室放置一周没有问题。注意：再罩一层保险膜非常重要。发酵好之后，不能让纳豆再和空气接触。否则，纳豆的粘丝将逐渐减少-原因可能是冰箱中的杂菌进入纳豆中。
7、食用：纳豆有臭味及粘丝，如不讨厌它，可与米饭同吃。单独食用时，可加少量酱油、或拌入圆葱碎末、或拌入辣白菜、或拌入白萝卜末。 尽可能不加热吃。纳豆激酶不耐热，加热到70℃活性就消失了。所以生吃效果最好。晚餐吃纳豆效果最好。食用纳豆1小时至12小时之间纳豆激酶发挥溶解血栓的功能。应坚持每天吃。纳豆激酶进入体内后，其活性维持12小时。每天吃30-100g最理想。要是治病每天吃100克，要是保健每天吃30-100克即可。