1、游戏一开始时玩家还可以自由选择主角的性别，依玩家性别不同，另一个性别主角也会以游戏中帮助主角的博士小孩身份登场，并向主角进行口袋妖怪的挑战。玩家必须打败他才能拿到会自动记录游戏资料的妖怪图湟堰怖穗鉴与捕捉妖怪的捕捉球。
2、另外玩家也可以藉由对战线与朋友交换彼此的口袋妖怪或是进行最多四人同时参加的双人对战或多人对战。
3、和原来一样，上来要选好性别以及名字，选好后，你会发现你在卡车上，下来后，你妈妈会接你去屋中，进去后上2层，对着钟表按A，选好时间后下楼，看完电视后就可以出家了。
4、这时来到右边的屋中，一个人会和你对话，上2楼，看到一个与你性别不同的孩子，和他对话，他会跑掉，这时出去向上走，会见到博士在被追赶，按地上的背包，随便选一只精灵把博士救出来，然后会回到博士的研究所，博士会把精灵送给你。
5、然后往上走，会到一个城，不过没什么用，再往上走，会遇到你刚才对话后跑掉的对手，和他打完后回到研究所，博士会给你精灵图鉴。出来后往上走，妈妈会给你运动背心，以后按B可以跑了。
