1、锈病：主要出现在5月，茎叶由棕褐色凸斑到后面散出橙黄色孢子。出现这种情况，一是需立议陬涸渎即清除枯萎茎叶以减少病源；二是使用腐熟的肥料来增加营养；三是用粉锈宁可湿性粉剂喷施。
2、白腐病：鳞茎局部腐烂，有菌丝呈灰白、黑色或蓝绿色孢子。种植前需晾置鳞茎并用多菌灵可湿性粉剂兑水浸种20分钟。
3、菌核病：鳞茎产生黑斑甚至整个鳞茎变黑，最后枯萎。发现病株立即拔除，并用石灰对病穴消毒，然后用多菌灵可湿性粉剂进行灌根。
4、立枯病：发生1～3年生贝母出苗展叶期。
5、金针虫和蛴螬：主要在 4 - 6 月咬食根部，在虫害期用烟叶熬水浇灌或用氯丹乳油在出苗后灌土。
6、川贝的采收加工。川贝以5 - 6年生留种为好。果实黄熟时脱粒泰拾侏芡沙藏，或用布袋装起来放通风处。一般在9月中下旬晴天的时候钝鸵捎貌收取鳞茎，这样才不会伤及鳞茎。在采收之后将鳞茎洗净泥沙，除去心芽，加工成元宝贝，小的加成珠贝。