化肥农药的过度使用是当前农业水源水污染的重要原因。为了减轻农业水源污染，要从源头防控，合理施肥、科学施肥、降低施肥量。从农田水利设施上进行减污相对简易可行，可以构建具有两套措施、四道防线的塘堰湿地——生态沟综合系统。
第一套措施及第一道防线
1、第一套措施也是第一道防线是田间节水灌溉、控制排水和水肥综合调控，即施肥总量不减少，把施肥时间与降雨、灌水配合起来，并用节水灌溉和控制排水的方法减少污染物的排放量。该防线可以使得氮磷的排放量减少20%～30%。
第二套措施及第二、三、四道防线
1、第二套措施： 是要建立生态草沟—小型(塘堰)湿地综合系统，而这套系统包含第二至第四的三道防线。
2、第二道防线： 是建立田边、田与田之间的田间草沟，在沟里栽种适宜的植物，但是不施肥;这样做可以淡化田里流出水中来的氮、磷等浓度，可以达到降解农业面源污染的效用。 一般条件下，长100米左右的草沟承接10～20公顷的农田排水，可以降低15%～25%的氮磷浓度。流程长的田间草沟，降解氮磷的效果更高。
3、第三道防线： 是建立小型的人工湿地，对草沟里流出来的水作进一步处理。利用原有塘堰或将一些低鞅庐倡漕洼地改造成具有良好净化效果的小型湿地，对氮磷进一步降解。湿地改好溅局柑氍以后，必须要种植物。可以种的植物有：水莲、菖蒲、灯心草等等。湿地可降低水中氮、磷浓度30%～50%。
4、第四道防线： 是建设骨干生态沟，水从湿地里流出来，经过骨干生态沟又起到降解氮磷浓度20%～30%的作用。 从田间到草沟到湿地再到骨干生态沟，氮磷浓度可降解70%～80%。
