冬虫夏草有多种食用方法，传统的比较被认可的吃法有隔水蒸，文火煮，泡虫草酒，和老鸭一起炖，同时也有直接干嚼、打粉做虫草胶囊等众多食用方法。
有人认为把冬虫夏草每天炖汤吃很麻烦，因而畅快把它磨成粉，认为这样不仅方便，而且好汲取、不铺张；更有人把冬虫夏草用来泡茶喝，喝到最后就整条嚼碎吞掉。实际上，这些吃法都是不太稳妥的。
冬虫夏草和茶叶、人参等植物不同，冬虫夏草是一种半是昆虫、半是植物的生物。在冰雪消融的春天，一种叫做蝙蝠蛾的动物会将虫卵产在地下，使其孵化成像蚕虫一样的幼虫。此外，有一种真菌孢子会经过水而渗入到地下，特地找蝙蝠蛾的幼虫寄生，并汲取幼虫体的营养。在菌丝慢慢成长的同时，幼虫也跟着慢慢长大。当菌丝繁殖至充满虫体时，幼虫就会死亡，此时刚好是冬天（冬虫）。而当气温回升后，菌丝体就会从冬虫的头部慢慢萌发，长出像草正常的真菌子（夏草）。可见，冬虫夏草的表面也许会附着有良多寄生虫、真菌孢子等。这些物质用水冲洗，很也许无法去除清洁，只有通过长时间的蒸煮或者高压处理，才能真正保证卫生。而用开水泡，或是磨成粉用水冲服，是无法确保其卫生的。此外，冬虫夏草本身所含的有助于增强人体免疫力的物质，都是蛋白质、核苷等大分子物质。这些物质单纯用开水泡，只有极少部分能消融到水中，所以药效并不能完全发挥。即使最后病人把整条冬虫夏草嚼碎吃掉，也不能确保其营养成分都被汲取。
由于进食的食物，其营养成分可否能被充分汲取，取决于进食者的脾胃消化机能。而肿瘤病人，大部分都存在定然程度的消化汲取机能障碍。吃冬虫夏草，最好是炖汤。正常将冬虫夏草和老鸭一升引小火炖1至2小时。当然，也可以单纯地用冬虫夏草炖水喝。假如冬虫夏草要和其他中草药一起煎服，最好把冬虫夏草单独用小火煎1个小时，然后再把其搀杂到快煎好的药液中，省得其有效成分被其他药渣吸附了。当然，不管是哪种服用方法，最后均可以将冬虫夏草整条吃掉。
冬虫夏草由于具有免疫调节机能，所以不仅仅适用于肿瘤病人。那些器官移植后，因需要使用抗排斥药物而导致免疫力低下的病人，也是特别适合服用冬虫夏草的。故也举荐肝肾移植后的病人服用。
冬虫夏草炖鸭菜谱
材料：
冬虫夏草一扎（约24条），瘦鸭1000克。
调料：
精盐少许，姜一片，绍酒一汤匙，滚开水四杯，精盐适量。
做法：
1、将鸭洗净放入滚开水中，高火8分钟，取出洗净（怕肥可撕去鸭皮）。
2、摘去冬虫夏草细的一端（留用），把粗的插在鸭身和鸭腿上，使冬虫夏草的养分渗入鸭肉。
3、将鸭、绍酒、姜和留用的冬虫夏草放入器皿内，加入四杯滚开水，中火40分钟，食用时放精盐即可。