1、原因主要是以下几点：1、移植过深某些农户可能是考虑到定植后需要浇水，怕水大冲倒了幼苗，几乎把茎秆的三分之一都埋入了土中，由于气温高，湿度大，造成茎秆变褐色，乃至腐烂，但这不是病害，无法通过喷药来防治。
2、苗期幼苗的适应过程由于定植前幼苗已适应了苗床土壤环境，定植后由于换了土壤，必须有一定的时间来适应拱棚内的土壤环境，这就造成了缓苗时间的加长。
3、定植时间过早，造成沤根现象由于没有采取起垄定植，加上大都采取大水漫灌的方式，透气性不好，造成了沤根。在拔出萎蔫的秧苗时，可以清楚地看到部分毛细根已经坏死，剩余的根系不足以维持其正常生长需要的养分和水分。晴天时气温高，植株蒸腾量大，所需水分多，故而出现萎蔫现象。
4、农家肥使用不当引致烧根所致使用优质农肥是蔬菜优质高产的基础。但使用未腐熟的农肥、农肥使用量过多，分解时会在根系周围形成高温、或土壤溶液浓度过高，强行从植株根系索取水分烧伤主根，影响根系发育而发生萎蔫。
5、防治措施：1、加强田间管理，解决定植过深等问题。在幼苗的四周用一些小工具挖一挖，使埋入土中的茎干露出土壤。适当增加土壤通透性，避免出现烂秆，造成死棵现象。
6、科学合理施肥，避免“肥害”发生。为有效解决“肥害”问题，应注意以下四点：（1）充分腐熟。农家肥必须经充分腐熟等无害化处理后方可进入温室，严禁生粪进棚入地。堆腐时要把好湿度关、密封关、翻倒关，这样可杀死病菌、虫卵、草籽，减轻病虫为害。（2）捶细、过筛。腐熟的农家肥应该捶细、过筛，否则会对定植后刚扎出的新根造成烧伤，轻者影响发育易造成“小老苗”，重者则会发生萎蔫、甚至死亡。（3）深施、混匀。农肥撒施后，一定要深翻、混匀。（4）适量施肥。腐熟农家肥用量也不是越多越好，过量施用也易发生烧根问题，一般每亩施腐熟农家肥4000～5000千克。