1、含义不同
低聚果糖又称蔗果低聚糖，以菊芋粉为原料用菊糖内切酶水解作用，经精制最终可得低聚果糖浆。
益生元是这样一种物质：它是一种膳食补充剂。更概括的说法是功能性低聚糖。
2、作用不同
低聚果糖除具有一般功能性低聚糖的物理化学性质外，最引人注目的生理特性是它能明显改善肠道内微生物种群比例，它是肠内双歧杆菌的活化增殖因子，可减少和抑制肠内腐败物质的产生，抑制有害细菌的生长，调节肠道内平衡。
益生元被明确的制定作用于大肠菌落。并且可以增加肠蠕动，减少便秘；预防肠道感染，抑制腹泻；促进钙的吸收利用，减少骨质疏松症的发病率；降低甘油三酯和胆固醇含量，减少动脉粥样硬化和心血管疾病；解胰岛素拮抗，减少肥胖症和2型糖尿病；减少癌症的发病率。
3、分子组成不同
低聚果糖又称蔗果低聚糖，是由1～3个果糖基通过β(2—1)糖苷键与蔗糖中的果糖基结合生成的蔗果三糖、蔗果四糖和蔗果五糖等的混合物。
益生元主要包括各种寡糖类物质或称低聚糖（由2～10个分子单糖组成）。
参考资料来源：百度百科-益生元
参考资料来源：百度百科-低聚果糖