1、分批多次收费自从2020年1月1日0时起，全国的高速公路陆续将调整计费方式，全网收费系统从“一次性汇总收费模式”切换为“分段计费模式”，指原来仅收到一条扣费通知，以后将变为收到多条扣费通知，总扣费金额保持一致，不会出现重复扣费。
2、延迟扣费若用ETC的卡为记账卡，为先通行后付费，属于正常现象。车主过收费站后，后台计算费用后，先由高速路方发至各发卡方，再由发卡方发送至银行，最后到用户处做结算，因为各路方同步存在时间差，导致扣款信息发送不及时，就产生延迟扣费现象。
3、扣费短信根据取消高速公路省界收费站的总体工作部署，各地对ETC车辆2020年1月份产生的高速公路通行费交易积压数据进行了集中处理，对前期通行单未结算的高速公路通行费统一的进行结算扣费，形成了月结账单，ETC车主将通过手机短信获知1月的扣费情况，也可以通过“ETC助手”微信小程序查看通行时间，出入口等详细信息。
4、扣费金额问题根据交通运输部的官方解释：原来的收费系统是按照“最短路径收费”，而新的联网收费系统是以车辆通行的“实际路径”进行精准计费，基本体现了“多用路者多付费，少用路者少付费”。另外，收费取整规则发生变化，由原来的取整到“0元、5元”调整为ETC车辆取整到“分”、人工收费车辆取整到“元”。
5、扣费有异议目前，由于部分地区系统运行还不够稳定，需要进一步调试完善。各地实行通行优先和绝不能让车主利益受损的原则，先抬杠放行，再调查清楚后再作处理。调查核实情况，第一时间及时妥善处理。确属是错计费多收费的，必须全额退还。
