1、饲养过程中谨慎操作，避免鱼体受伤，这对于预防肤霉病的发生尤为重要。在越冬以前用药物浸泡鱼体杀灭寄生虫，可以有效地预防此病。
2、用400—500毫克／升食盐溶液和碳酸氢钠(小苏打)400—500毫克／升溶液合剂全池遍洒。
3、用孔雀绿0.1％一1％浓度水溶液涂抹伤口和水霉着生处。
4、用孔雀绿1／15000浓度浸洗病鱼3～5分钟。
5、锦鲤繁殖时用1／15000浓度孔雀绿浸洗鱼卵(连同鱼巢) 10～15分钟,可以预防。
6、口服维生素E，每10千克鱼体重，每天用0.4~0.6克(制成颗粒药饵投喂)，可以增强锦鲤对水生真菌的抗菌力。上述药物和处理方法，对预防和治疗轻度、早期的水霉病效果显著。