全自动马桶有弊端在通用性以及价格上和维修成本上。
通用性差。全自动马桶盖的盖板设计为U形或方形，但是大多数的马桶盖板设计的形状都是圆弧形。所以全自动马桶盖不能适用在马桶上，有可能为了使用上全自动马桶盖，而需要更换一只马桶。而且马桶盖、水箱和便座之间的距离有安装限制，这造成了全自动马桶盖通用性更弱。
维修成本高。全自动马桶盖强大的功能性来自内部高科技的设计，这些部件都精妙，使用起来提供了很多便捷性。但是设备总有出故障需要维修的时候，全自动马桶的维修成本比普通马桶盖的维修成本高得多。如果是更换核心部件,可能要花费购价的一半。
价格比普通的坐便器要高很多。这样使得很多个普通的家庭用不起。有些时候停电了却不能冲水，造成了不好的现象。另外电子产品的寿命大概在5年左右，5年以后得及时换马桶盖板，这样又是一笔很大的开支。
说完以上缺点，但是全自动马桶的优点还是很香的，所以买的来还是趋之若鹜的。