1、充氧动态发酵 在适宜的温度、湿度以及供氧充足的条件下，好气菌迅速繁殖，将粪便中的有机物质大量分解成易被利用的形式，同时释放出硫化氢、氨等气体。同时还可获得除臭、灭菌、杀虫的优质有机肥料。 该方法的优点是发酵效率高、畜禽粪便无害化处理速度快，可以比较彻底地杀灭粪便中的有害病原体。同时，可更多的保留粪中的营养物质，提高利用率。
2、堆肥处理 堆肥处理是指将有机物在好氧、嗜热性微生物的作用下转化为腐殖质、微生物及有机残渣的过程。在堆肥发酵过程中，可将大量蛋白质分解，使其成为一种肥效持久、能改善土壤结构、维持地力的优质有机肥。而且堆肥处理方法简单，无需专用设备，处理费用低，产出的有机腐殖质肥料成为优质有机肥，被广泛应用于农业种植中，推广价值高。