公共卫生管理系统是依据国家卫计委最新标准《国家基本公共卫生服务规范（2011年版）》研发，实现以村卫生所、社区卫生服务站、乡镇卫生院为单位、以健康档案为核心的多业务于一体的一站式管理系统。系统包括电子健康档案系统、慢病管理系统、妇幼保健系统、康复管理系统、健康教育系统、传染病防治、公共卫生应急、双向转诊、监督协管等功能。与区域卫生平台无缝对接，实现电子健康档案的动态更新及区域内共享。可与健康小屋及移动查体设备对接，实现健康查体数据的自动更新，实现“小病、慢病不出户”，充分发挥“防、治、保、康、教、计”六位一体的医疗卫生服务职能。
系统特点
公共卫生管理系统包含双向转诊系统、健康记录共享系统、决策支持系统和医药知识库系统，更好的推动了公共卫生的管理。
双向转诊系统
双向转诊是通过信息化手段实现医院与基层医院或社区卫生服务中心之间的病人、病历信息的“双向转诊”和信息共享的信息化系统。
公共卫生系统解决了传统的转诊模式的不便利因素。借助双向转诊跟踪服务系统，社区医生根据患者的病情，可以在自己的电脑上为患者选择转诊、挂号预约、出诊请求、会诊申请、实时指导等多项医疗服务。基层医生可以通过双向转诊系统直接上传转诊信息与病人就诊信息，区域中心双向转诊办公室医务人员可以同步看到上传信息，并及时进行相应的分解处理；遇有需要转入社区康复的患者，系统将患者住院的相关病史资料及康复指导建议等一并下转到基层，社区医生随时可看到或调阅有关信息，不仅运转方便，而且实现了大小医院信息资源共享。
健康记录共享系统
健康记录信息就是以个人基本信息为基础，通过市民身份识别主索引（医疗卫生一卡通）的方式，来保证各个业务主线的应用系统识别出同一个自然人，在出生时形成出生证信息，在就诊时形成就诊信息，在住院时形成病案首页信息；在个人死亡之后会产生死亡医学证明信息；另外，在个人参加医疗卫生服务时，会产生其他相应的信息，如儿童保健信息、孕产妇保健信息、健康合格证信息、计划免疫信息而等。通过以上信息的综合，形成个人健康记录史。
信息收集应融入到医疗卫生机构的日常服务工作中，随时产生、主动推送，一方采集、多方共享。健康档案可为病人、医生管理者等各类角色应用。
决策支持系统
区域卫生信息查询、分析决策支持，也是整个平台的Business Intelligence。通过中间件、网络计算等手段将区域内医疗卫生数据大集中，为行政主管部门决策提供数据支持。建立多维数据模型，对新农合业务的开展进行多角度、多层面的分析，辅助决策。包括《住院总费用图表》、《次均门诊费用图表》、《次均住院费用图表》、《门诊看病人数、病种、地区实时走势图》、《住院看病人数、病种、地区实时走势图》、《农民参合情况分析》、《基金分析--筹集情况分析、分配、使用情况分析》等图表。
医学知识库系统（合理用药）
医学知识库，是权威的药物、疾病、手术等知识库，通过共享，供医护人员参考与学习。药学知识库针对医院用药不合理现象，提供合理用药功能，对医生所开的处方进行快速专业的监测，检查用药处方或医嘱的合理性（包括对药物过敏、药物相互作用、药品配伍禁忌、老年儿童妇女用药、病人病生态等项目检测）及时将监测结果提供给医生、药师、护士参考，减少用药不合理性的发生。疾病知识库与药学知识库类似，能为医生、护士提供专业疾病知识库参考，提高医生专业知识水平。