如何一步GEO实现差异基因分析

时间:2024-10-28 15:54:41

1、一步GEO1、进入一步GEO界面,输入GSE编号(我们以GSE36001为例),点击查询按钮,如图1、2所示:

如何一步GEO实现差异基因分析
如何一步GEO实现差异基因分析

2、选择分组 本案例Normal bone作为对照组CTR,而Osteosarcoma cell line作为疾病组DIS,点击CTR按钮,再点击具体的数据行,或者括选,之后同理选择DIS按钮,选择好分组后点击提交按钮,会自动完成GEOname和group,如图3、4所示,再点击运行按钮:

如何一步GEO实现差异基因分析
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3、差异基因结果 提交运行后,稍等一会就出结果,如图5所示,打开结果中的html报告,如下图6:

如何一步GEO实现差异基因分析
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4、一步GEO优点省去了数据预处理的复杂操作和修改多组分组信息的步骤,方便快捷实现两两对比差异分析。

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