1、一、微生物菌肥的作用1、改善土壤团粒结构，提高土壤肥力微生物菌肥，提高土壤有机质含量，同时产生大量植物分泌物与矿物胶体、有机胶体相结合，形成土壤团粒结构，改善了土壤理化性状，防止水、肥、土的流失， 为农作物提供了良性生存环境。
2、增产微生物菌肥为农作物提供了生长发育必需的多种营养，同时大量有益微生物的生命活动改善了土壤理化性质。有效抑制了有害细菌的繁殖和危害，为农作物创造了良好的生存环境，从而带来了显著的增产效应。
3、改善农产品品质微生物菌肥具有促进作用和抗病作用，可使土壤中有益微生物占绝对优势，增加土壤中有效养分含量，有利于作物生长，同时有益微生物可有效防止或减轻农作物的病害，因此对改善农产品的品质起到了积极的作用。
4、二、微生物菌肥正确使用方法微生物菌肥主要成分是有机质和大量的有益微生物菌，对作物绝对安全，因此，可用于拌种、底肥、育苗、喷施等多种使用方法。
5、在育苗时使用，不但能促进根系生长，使幼苗更加健壮，还可预防苗期猝倒病、立枯病、根腐病等病害的发生。
6、在作物施底肥时，可把微生物菌肥与有机肥、复合肥等肥料一起使用，不但能提高肥料利用率，还能抑制土壤中的病菌。
7、在作物播种前，种子先用清水浸种，捞出后，再使用微生物菌肥拌种，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种，可防止种子感染病害。
8、微生物菌肥过滤之后，直接喷洒作物叶面，其活芽孢利用叶面上的营养和水分在叶片上繁殖，迅速占领整个叶片表面，同时分泌具有杀菌作用的活性物，达到有效排斥、抑制和杀灭病菌的作用，防止病菌感染，预防病害的发生。
9、三、微生物菌肥选购方法市面上微生物菌肥有很多，在选购微生物菌肥时需注意，看有益菌含量是多少？含量越多越好，其次要看一下生产日期，最后要看厂家的信息以及肥料里面是否有杂质。
10、微生物菌肥中含有的有益菌的生命活动提供给植物的营养是多种多样的，适量的使用，才能发挥微生物菌肥的肥效。