1、 治标不治本 因为西医治疗疾病只是针对症，忽视了精神分裂症病因病根的治疗，使得治疗仅仅停留在表面，不能从根本上解决问题。
2、 毒副作用大 所有的西药都有副作用。绝大多数的抗精神分裂症药物对脑功能有不同程度的影响。长期用药会导致患者血药浓度增高、记忆力下降、反应迟钝、肝肾功能受损等严重后果，还容易诱发其他新的疾病。
3、 停药易引起反复 这些抗精神分裂症的西药虽然能够暂时缓解症状，但根本无法治愈疾病，长期服用对肝肾有损害，并且容易造成依赖性和成瘾性，如果停药或减量的话容易出现反弹，易引起病情反复，对于以后治疗极为不利，更有甚者会出现行为激越，想打人、骂人、发脾气，晚上不睡觉，甚至演变成躁狂症。
4、 经济负担重 精神分裂症治疗的长期性，尤其是一线药物的长期使用，日积月累，其费用不菲，加重了患者的经济负担。而最后不得不因为经济负担过重被迫停药，而这不可避免的将会给精神分裂症患者带来更大的伤害。