1、医药保健中的用法：在医药、保健品的应用中，添加木瓜酶的药物可以起到抗癌、抗肿瘤、抗淋巴性白血病、抗病原菌和寄生虫、结核杆菌的作用，并可以防治高血压、肾炎、便秘及助消化治胃病的作用。可制成木瓜润喉片、木瓜肠溶片或胶囊，产品具有消炎止痛、利胆、助消化，提高免疫力等功能。
2、同时对治疗妇科病、青光眼、骨质增生、枪刀伤口愈合、昆虫叮咬等具有很强的疗效，还可用于检查红细胞表面、血型鉴别等。
3、木瓜或用木瓜制成的木瓜粉还可以有通乳、丰乳的功效。现代研究证明，木瓜酶在医药及保健品上的应用已经越来越广泛，但是其潜力还远远没有得到很好的挖掘。所在在医药市场上的潜力非常大。