朱元璋并不想杀马三刀，但是你只要贪污，别说一个马三刀，就是十个马三刀，朱元璋也会毫不留情地杀了他，比起大明江山，马三刀轻如鸿毛。
话虽如此，可这个马三刀确实对朱元璋是忠心耿耿的，而且一家人都有战功，马三刀为了打赢陈友谅，不惜让两个儿子开着小船，点燃小船相撞陈友谅的大船来取得胜利，这让朱元璋也感激涕零，直接给马三刀颁发了一个“免死铁券”。
朱元璋其实有心放马三刀一回，可是马三刀态度不好，公款又没有，免死铁卷又换酒了。另外，浙东集团和功勋又斗的厉害。朱元璋为了制衡朝廷权利，为了最大限度地集中皇权，只能把马三刀杀了。因为这样做可以树立依法治国的形象，朱元璋起到带头作用，可以肃清不良风气。