1、用ImageJ打开需要测量的细胞荧光图片后1-1，Image → Duplicate，弹出Duplicate窗口。Title一般是xxx-1（xxx代表原图片名），不用改，直接点OK。
2、2，Image → Type → 8-bit1-3，Image → Adjust → threshold，弹出Threshold窗口1-4，调节这个窗口中间两个横向的滚动条，使图片中的细胞为红色，背景为黑色，其中背景中的红点尽量少而小。其他的不动，然后点apply
3、5，Process → Binary → Fill Holes，把细胞中间的洞填满1-6，Process → Binary → Watershed，把重叠的细胞从中间划开（这个有可能会划错），如果你的图片里面没有细胞重叠，可以跳过这一步。1-7，Analyze → Set Measures，弹出Set Measurements窗口。如图，勾上Mean gray value和Display label，Redirect to选原图xxx.tif，而不是xxx-1.tif。点OK
4、呖分甾胗8，先看1-9。为了估计最小的细胞面积，可以使用魔棒工具选中一个相对较小的细胞，然后Analyze → Measure计算其面积（弹出的页面中的Area一栏），然后依据其面积估计一个细胞最小值，可以小一点，只要明显比背景的杂点大就行。1-9，Analyze → Analyze Particles, 弹出Analyze Particle窗口。如图，Size（inch^2）代表筛选细胞面积范围，默认值为“0.00-Infinity”。为了过滤掉背景中存在一些无关而面积很小的点，这里应该把0.00改为细胞可能的最小面积（通过1-8进行估计）。其余参数如图所示，尤其注意不要勾选Clear results，点击OK，弹出多个窗口，细胞数就在Summary窗口中。
5、批量处理多张相似图片适合对多张差不多的细胞图片进行荧光测量。ImageJ将对这些图片进行完全相同的操作。在批量处理前，你需要提前估计出自己所有图片中的细胞面积最小值，估计方法见步骤1-8。2-1，将需要进行相同操作的图片复制到同一个文件夹。然后用ImageJ打开任意一张图片2-2，Plugins → Macros → Record，弹出Recorder窗口。接下来你进行的每一步操作，都会以代码的形式记录在这个窗口。
6、3，按照自动测量荧光的方法一步步进行操作（需跳过步骤1-8，直接在1-9填最小值）。如果出现误操作被记录下来，直接在R髫潋啜缅ecorder窗口中删除对应的代码，再继续操作即可。2-4，全选Recorder窗口中的所有代码并复制，然后关闭所有窗口（全都不用保存），只留下ImageJ主程序。2-5，Process → Batch → Macro，弹出Batch Process窗口。Input选择计数图片所在文件夹，Output选择任意一个无用的文件夹即可，ImageJ会将处理过的图片存入Output选中的文件夹。Output Format和Add Macro Code默认即可。然后将第4步复制的代码粘贴在最大的框中。注意，如果某行代码最前面有两个斜杠（“//”），则需要把每一行最前面的斜杠都删掉。2-6，在代码最前面插入一行“ID=getTitle();” ，然后找到“run("Set Measurements...", "area mean min display redirect=xxx.tif decimal=3");”这一行，把“xxx.tif”改为“&ID”。然后点process，ImageJ就会自动对文件夹中所有图片进行相同的处理，并显示结果。结尾附有参考代码。
7、参考代码：ID=getTitle();run("Duplicate...", &鳎溻趄酃quot;title=xxx-1.tif");run("8-bit");setAutoThreshold("Default");run("Threshold...");setThreshold(10, 255);setOption("BlackBackground", false);run("Convert to Mask");run("Fill Holes");run("Watershed");run("Set Measurements...", "area mean min display redirect=&ID decimal=3");run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity display exclude include summarize record add in_situ");roiManager("Show All with labels");roiManager("Show All");