1、高新技术企业认定和加计扣除是两回事，你们可以同时申请，但加计扣除通常都是年底或者第二年年初做的。高新是根据各省的评定时候申报的。
2、两个都有减税功能，高新是减税40%，加计扣除是按照研发费用的税前列支，按照150%抵扣。
3、两个都跟研发经费有关系。
4、研究开发费用的加计扣除，是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
扩展资料：
法规
企业所得税法规定，开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。
也就是说，按照研究费用是否资本化为标准，分两种方式来加计扣除，但其准予税前扣除的总额是一样的，即都是实际发生的研发费用的150%。高新企业都可以享受这项税收优惠政策。
企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。
企业就支付给残疾职工的工资，在进行企业所得税预缴申报时，允许据实计算扣除；在年度终了进行企业所得税年度申报和汇算清缴时，再依照本条第一款的规定计算加计扣除。
指按照税法规定在实际发生数额的基础上，再加成一定比例，作为计算应纳税所得额时的扣除数额的一种税收优惠措施。
参考资料来源：百度百科--加计扣除
参考资料来源：百度百科--高新技术企业