1、巧克力囊肿非常容易复发，所以，一般不超过5厘米，无明显快速增大，无症状者，无需治怍鲒柔鹱疗。注意饮食，不吃含大量激素食物。例如豆浆，豆制品，速成鸡，人参，红参，蛋白粉，保健品等等。
2、巧克力囊肿如果过大，或者明显长速变快，或者影响生育，宜微创剥除。这种手术保留卵巢，不影响生育。
3、微创剥除后，一个月不得性行为。因为巧克力囊肿容易短时间复发，宜吃短效避孕药保护卵巢。算好日子，停药后，可以备孕。
4、巧克力囊肿微创手术虽然可以剥除，但手术越多次盆腔粘连可能越厉害，粘连将影响怀孕。所以，谨慎手术。
5、巧克力囊肿绝大部分是良性，不需要过分担心恶变的可能。