1、选用抗病品种，并对种子进行消毒处理。可用72%农用硫酸链霉素浸种3～5分钟，阴干后播种。
2、选择适宜的地块。选用地势高燥、排水良好、最好近年未种过大葱的地块，能有效地防治大葱软腐病的发生。
3、合理轮作、间作。大葱重茬地块可与小麦、玉米轮作3年以上，以减少菌源。
4、合理施肥。多施有机肥，合理施用氮肥，重施磷、钾肥，适当补充微量元素，做到平衡施肥，促进大葱健壮生长，提高植株抗病能力。
5、清除田间病残体，进行土壤消毒。对多年发病严重的地块，可撒施生石灰或敌克松。生石灰用量为50kg/亩，敌克松用量1～2kg/亩。
6、药剂防治。发病初期，喷洒77%可杀得可湿性粉剂500倍液，或72%农用硫酸链霉素可湿性粉剂4000倍液，或70%敌克松可湿性粉剂200倍液，亦可随水灌根。视病情隔7～10天施药1次，共防治2～3次。