1、首先， 较大型敌害,使用药物抑制或杀灭敌害生物，如青霉素1万国际单位/升海水的处理可抑制细菌;对金藻中的原生动物，用次氯酸钠4~8毫克/升(有效氯)海水处理，处理时间约2小时为宜。
2、然后，在夜晚进行，第2天早上绝大多数藻细胞都能恢复，改变培养液的环境条件。如酸化处理，降低培养液的酸碱度，配制1摩尔/升的盐酸。
3、然后，每升藻液加3毫升的1摩尔/升的盐酸处理1小时，又用1摩尔/升氢氧化钠中和，对金藻、扁藻中的尖鼻虫和腹毛虫有一定的处理效果，藻约1~2天恢复正常。
4、然后，在酸碱度值等于3的情况下，金藻可存活24小时，硅藻、绿藻存活1小时;提高比重(以培养藻类之长，攻敌害之短)处理，扁藻适宜盐度为8~80，在正常海水中加盐提高比重到1.56~1.60处理24小时，可杀死扁藻培养液中的腹毛虫。
5、然后，处理以后再稀释，藥细胞恢复正常。盐藻中变形虫危害时，1000亳升培养液中加食盐70~110克，可达到一定的处理效果，处理后15~18天藻细胞恢复。
6、最后，进行生物方法防治。如利用卤虫皮薹匆热控制藻液中的原生动物，卤虫作为“捕食者”，可控制藻液中的原生动物，每升培养液投放0.1~1个卤虫，处理效果较好，对“老化”藻种每升培养液投放2~3个卤虫，可起到优化藻种的作用。
