1、属科类品种不同：
橘子为芸香科植物福桔或朱桔等多种桔类的成熟果实。种类很多，有八布桔、金钱桔、甜桔、啬地陆锾酸桔、宫川、新津桔、尾张桔、温州桔、四川桔等品种。
而橙子，指芸香科、柑桔亚科、柑桔族、柑桔亚族以下的一群植物果实。品种有锦橙、脐橙、甜橙等。
皇帝柑是橙与橘的自然杂交种，集中了橙类外形美和柑橘肉质细嫩、易剥皮的双重优点。
2、温凉性不同：
橘子性温，多吃易上火，会出现口舌生疮、口干舌燥、咽喉干痛、大便秘结等症状。
橙子味甘、酸，性凉，它是清火的水果。
皇帝柑性甘，酸，性凉，适量食用有和中开胃，生津止渴行气，醒酒利尿之功效。
3、果皮不同：
橘子常为扁圆形，皮色橘红或朱红，果皮薄而宽松，容易剥开，摸起来也会软一些；
而橙子常为圆形或长圆形，表皮光滑且较厚，包裹紧实，不容易剥开，而且较橘子而言，橙子一般比橘子大一些。
皇帝柑多为圆形，果色金黄、皮薄核少，较易剥离。
参考资料来源：百度百科-橘子
参考资料来源：百度百科-橙子
参考资料来源：百度百科-皇帝柑